Gegenstand der Gewässerunterhaltung ist die Pflege und Entwicklung der Gewässer. Aufgabe ist es, einen ordnungsgemäßen Zustand für den Wasserabfluss und an schiffbaren Gewässern die Schiffbarkeit zu erhalten bzw. widerherzustellen. Hierzu gehören auch die ökologischen und landeskulturellen Funktionen der Gewässer.

Die Unterhaltung der Havel als Bundeswasserstraße wird durch das Wasser- und Schifffahrtsamtes Brandenburg durchgeführt. Als Gewässer I. Ordnung wird die Unterhaltung der Emster durch das Landesumweltamt und die der verbleibenden Gewässer II. Ordnung durch die Wasser- und Bodenverbände durchgeführt. In mehrjährigen Unterhaltungsplänen sind die vom Unterhaltungspflichtigen auszuführenden Maßnahmen für ein bestimmtes Gewässer oder für Teilbereiche festgesetzt.